Съемки сериала проходили в Калининграде, Светлогорске, Балтийске, на базе ВМФ. В создании саги принимало участие Министерство обороны РФ, в фильме есть кадры учений с участием военных кораблей и подводных лодок, в картине также снимались и члены экипажей кораблей.
— Для съемок ВМФ предоставил корабли и подводные лодки, у нас в кадре много настоящих военных, — рассказал нам режиссер «Андреевского флага» Виталий Воробьев. — Также у нас были консультанты — и во время написания сценария, и во время съемок. Я обращался непосредственно к командирам подводных лодок, и с ними мы прямо на месте поправляли сцены, чтобы все соответствовало действительности и не было ошибок, за что я им очень благодарен. Кстати, я впервые снимал современную военную историю, до этого были истории ретро. Это очень интересный опыт, но и очень ответственно!
