Комплекс предназначен для поиска в ДНК совместно встречающихся участков, на которые «садятся» белки, которые считывают закодированную информацию в молекуле ДНК. Расположенные рядом участки, как правило, функционируют вместе, поэтому выявление таких пар позволит предсказывать взаимодействия белков уже на этапе распознавания последовательности ДНК, а также исследовать роль этих взаимодействий в физиологических процессах, сообщает издание «Наука в Сибири».
Чтобы найти все участки определенного белка-регулятора в геноме, используется дорогостоящий эксперимент, который называется ChIP-seq. Ученые отмечают, что белки-регуляторы никогда не работают в одиночку: активность и специфичность каждого модулируется многочисленными партнерскими белками-регуляторами. Результат работы участка определяется именно этими взаимодействиями. Поиск потенциальных партнеров, как правило, сопряжен с проведением дополнительных ChIP-seq экспериментов, что многократно повышает стоимость исследования. Именно эту проблему с успехом решает новый программный комплекс.
«Наш метод позволяет по результатам лишь одного ChIP-seq эксперимента определить пары белков-регуляторов, работающих вместе, и описать соответствующие им участки связывания ДНК. Причем обнаруживаются и те пары мотивов, последовательности которых в ДНК перекрываются», — комментирует старший научный сотрудник лаборатории эволюционной биоинформатики и теоретической генетики ИЦиГ СО РАН.
Новосибирские ученые получили патент на свою программу, она готова к практическому применению. В последние несколько лет появились и продолжают пополняться открытые базы, насчитывающие уже несколько десятков тысяч ChIP-seq экспериментов для разнообразных типов тканей, клеток и для разных белков-регуляторов.
